A film egy fiatal testvérpár szívszorító sorsát követi végig a második világháború sújtotta Japánban. Szeita és alig négyéves kishúga, Szecukó apja egy hadihajón szolgál, amikor anyjuk életét veszti bombázás okozta tűzvészben. A két árva egyik nagynénjükhez kerül, ám hamarosan kiderül, hogy a háborúban elszegényedett, bizalmatlanná vált társadalomban csak magukra számíthatnak, és kénytelenek egyedül szembenézni a háború poklával.
A fenyegető éhség és a bombázók árnyékában csak a szentjánosbogarak halvány fénye képes a reményt életben tartani.
A Szentjánosbogarak sírja minden idők egyik legmegrázóbb háborús filmje a Ghibli stúdió (Chihiro Szellemországban, A vándorló palota) alkotóitól, ami az animáció páratlan erejével képes a gyermeki ártatlanságot és akaratot szembeállítani a világégés borzalmaival és a társadalom közönyével.