Mi történne, ha a prófécia igaznak bizonyulna? Mi lenne, ha holnap véget érne a harc? Thomas „Neo” Anderson (Keanu Reeves) úgy dönt, szembenéz a kérdéssel, amelyet Morpheus (Laurence Fishburne) és Trinity (Carrie-Anne Moss) sugallt neki. Elindul, hogy felkutassa és megismerje az igazságot, és értelmét kiszabadítsa a Mátrix rabságából.
A trilógia második epizódjában Neo elhatározza, hogy a benne rejlő erőket még jobban uralma alá hajtja. A gépek hadserege támadást indít Zion városa ellen. Órák kérdése csupán, hogy a Föld utolsó ember uralta területét is elfoglalják az emberiség elpusztítására beprogramozott gépek. Morpheusnak azonban sikerül felráznia Zion polgárait, és meggyőznie őket arról, hogy be fog teljesülni a jóslat, és a Kiválasztott véget fog vetni a gépekkel vívott háborúnak. Szerelmükkel és egymásba vetett hitükkel felvértezve Neo és Trinity úgy döntenek, visszatérnek a Mátrixba, hogy különleges képességeiket és fegyvereiket latba vetve szembeszálljanak a zsarnoksággal. Csakhogy a Mátrixban hatalmas erők szegülnek ellenük.