Megaagy a világ leggonoszabb, egyben legzseniálisabb gonosztevője, ám szerencsére ez a teljesítményén egyáltalán nem mutatkozik meg. Az évek során ugyan minden elképzelhető eszközt bevetett, hogy leigázza Metro Cityt, ám minden esetben csúfos kudarcot vallott. Egy maszkos szuperhős, a legyőzhetetlen Metro Man keresztülhúzta számításait. Egészen addig, míg Megaagy egyik terve be nem válik, és a szuperhős elhalálozik. Ekkor új ellenfelet teremt magának. Titán azonban önállósítja magát, és igazi főgonoszként végromlást hoz a városra. A metropolisz és a világ sorsa Megaagy kezében van.